Probiotiques : Flora et labora

12. juillet 2016
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Pendant des années, les experts en marketing de l’industrie alimentaire ont promis la santé intestinale grâce à des yaourts contenant des probiotiques de culture. Une nouvelle génération de probiotiques semble être en mesure de faire beaucoup plus : ils déplaceraient les bactéries résistantes aux antibiotiques pathogènes de l’appareil digestif.

Les bactéries indigènes de l’intestin semblent être extrêmement polyvalentes. En plus des tâches digestives, elles agissent sur le système immunitaire et de nombreux processus métaboliques de leur hôte. Mais si les intrus situés dans le tube digestif sont combattus avec des antibiotiques, le contraire de l’effet recherché est souvent obtenu. Les habitants intestinaux habituels si utiles sont alors victimes du poison bactérien alors que les attaquants pathogènes résistants ont une chance de se développer. Alors que faire ? Peut-il y avoir une alternative à l’utilisation d’antibiotiques ?

Probiotiques de nouvelle génération

Grâce à l’amélioration permanente des connaissances sur le microbiome humain, une telle alternative pourrait être découverte. Si on remplit le vide laissé après un traitement antibiotique par une flore bactérienne appropriée, on restaure non seulement un environnement digestif sain, mais on rend aussi l’installation de migrants pathogènes beaucoup plus compliquée. Ces habitants intestinaux nouvellement découverts n’ont plus grand-chose à voir avec les anciennes cultures des réfrigérateurs. Les « probiotiques de nouvelle génération » sont beaucoup plus efficaces et pourraient donc aussi être utilisés à l’hôpital comme arme contre les agents pathogènes multi-résistants.

Bien que les antibiotiques jouent un rôle crucial dans la défense contre les bactéries, leurs effets sur la flore normale peuvent être très importants. Selon une étude récente réalisée par Brett Finlay et ses collègues de Vancouver, les enfants ont plus de risque d’avoir de l’asthme si la flore microbienne intestinale est perturbée durant les 100 premiers jours de leur vie. De plus, les bactéries anaérobies strictes du tube digestif sont les cibles de nombreux antibiotiques agressifs, une constatation qui a plus de cinquante ans. Vibrio cholerae ou Salmonella typhimurium sont alors dans une situation plus favorable. Les antibiotiques de ce type permettent ainsi la domination des ERV (entérocoque résistant à la vancomycine) dans l’intestin, ce qui à son tour est associé à un risque accru de bactériémie en particulier chez les patients ayant subi une greffe de moelle osseuse.

Le videur qui empêche les entrées non autorisées

Une transplantation fécale depuis des souris n’ayant pas eu de contact avec des antibiotiques, avec un microbiome sain, chez des animaux dont les intestins ont été colonisés par des ERV et Klebsiella pneumoniae, change de manière décisive leur flore intestinale. Grâce à cela, les bactéries pathogènes pourraient être expulsées de l’intestin. Mais l’efficacité de cette « résistance à la colonisation » dépend fortement de la conception de l’étude. Au cours des deux dernières années, cependant, plusieurs rapports ont montré que chez l’homme aussi, diverses espèces de flore intestinale préviennent la colonisation par l’ERV et des espèces pathogènes d’Escherichia coli. Des soutiens importants à cette résistance à la colonisation semblent être apportés par les bactéries du genre Barnesiella.

Il y a 30 ans, des scientifiques ont montré qu’un cocktail de dix sortes de flore intestinale saine, incluant les espèces anaérobies obligatoires, peuvent guérir les infections dues au redoutable Clostridium difficile. Clostridium scindens appartient aussi à ce groupe de videurs de l’intestin, qui ont sans doute par leur seule présence un effet dissuasif sur les bactéries pathogènes. Ce microbe, comme un petit nombre d’autres bactéries, peut convertir les sels biliaires primaires en sels biliaires secondaire, une compétence qui est étroitement associée à la protection contre Clostridium difficile. Un autre mécanisme de résistance à la colonisation pourrait être trouvé dans le métabolisme des acides sialiques, une source d’énergie appréciée par Cl. difficile et d’autres agents pathogènes non désirés.

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Les antibiotiques suppriment les espèces bactériennes commensales de l’intestin et affaiblissent la défense contre les agents pathogènes © Pamer et al. / Science (2016)

La coopération avec le système immunitaire

Les bactéries intestinales commensales anaérobies produisent des acides à chaîne courte tels que l’acide acétique, l’acide butyrique ou l’acide propionique, qui fournissent conjointement avec le lactate des bactéries lactiques un environnement qui empêche encore d’avantage aux intrus de s’y installer. Une autre arme des colons autochtones intestinaux sont les facteurs antibactériens directs tels que RegIIIγ. Cette lectine spécifique tue les bactéries Gram-positives telles que ERV. Ainsi Bacteroides thetaiotaomicron peut justifier sa place dans le tube digestif. Bacteroides thuringiensis, quant à elle, produit un poison contre les bactéries formant des spores comme Clostridium difficile ou les bacilles. Les actions indirectes pour la résistance à la colonisation ont aussi du succès : les bactéries filamenteuses segmentées sont en contact étroit avec l’épithélium intestinal et peuvent renforcer la défense immunitaire médiée par les anticorps anti-A ou peuvent produire des peptides antimicrobiens contre une éventuelle concurrence extérieure.

Dans l’ensemble, des expériences ont montré que la colonisation par des germes indésirables peut être assez bien contrée par le transfert de bactéries commensales de l’intestin. Les données indiquent une diminution des espèces pathogènes de six ordres de grandeur, ce qui correspond à l’effet d’un vaccin très fort. Bien que les espèces bactériennes nouvellement identifiées comme prodiguant une forte résistance à la colonisation ne représentent qu’une proportion relativement faible de l’ensemble de la flore intestinale, elles semblent être beaucoup plus efficaces que les additifs aux produits laitiers à l’origine d’énormes dépenses de marketing. Le nombre croissant d’études significatives fournira bientôt d’autres informations.

Problèmes logistiques et réglementaires

Le défi dans la régénération de la flore intestinale touchée par les antibiotiques se trouve dans l’application des recherches en milieu hospitalier. Les bactéries anaérobiques ne peuvent pas être simplement mélangées avec de la nourriture. Cette espèce a des nécessités bien plus importantes. Une transplantation de selles de donneurs sains après chaque utilisation d’antibiotiques ne semble pas être le moyen approprié. Ce traitement relativement nouveau pour les êtres humains n’a été à ce jour étudié que dans le cadre des infections par Clostridium difficile. Mais peut-être serait-il possible d’obtenir que les cultures correspondantes soient enrobées de sorte qu’elles pourraient être prises par voie orale et ainsi survivre au passage dans l’estomac et le tube digestif supérieur.

On ne sait pas du tout non plus comment une telle régénération intestinale doit être réglementée. Est-ce que les populations commensales intestinales sont comparables aux probiotiques actuels ayant un grand succès commercial ou aux additifs alimentaires qui sont à peine contrôlés sur la véracité de leur effet ? Même les composés homéopathiques sont à peine contrôlés alors qu’ils sont considérés comme des médicaments. Des études sont également nécessaires pour examiner si une telle résistance à la colonisation par des bactéries commensales de l’intestin en culture est plutôt intéressante à titre préventif ou thérapeutique. Comme il s’agit d’« habitants intestinaux normaux », peu d’effets secondaires graves sont attendus dans un premier temps. Néanmoins, les changements dans la flore intestinale à long terme ont à peine été étudiés.

Le gouvernement américain a doté de 500 millions de dollars des recherches pour connaître le microbiome humain et les conséquences d’un changement dans sa composition. « Nous avons besoin d’avoir la possibilité de changer un microbiome dysfonctionnel », a déclaré Jo Handelsman, directeur scientifique à la Maison Blanche, « et nous voulons pouvoir le rendre à nouveau opérationnel ». Un outil qui diminue les coups d’épée des antibiotiques si souvent utilisés et dont l’armure résiste à la pénétration des germes pathogènes, serait, plus d’un siècle après la découverte de la pénicilline, un grand pas en avant dans la lutte contre les maladies infectieuses.

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1 commentaire:

Médecin

et qu’en est il de la flore intestinale et son impact sur le surpoids ou l’équilibre du poids ?

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