Attention, génome dans les selles!

7. novembre 2011
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Le séquençage du génome humain est une vieille histoire. Et maintenant, il nous amène aux viscères ! Des chercheurs d´Heidelberg ont donné le coup d´envoi à un projet qui permet à celui qui le souhaite de faire séquencer sa flore intestinale.

Ce nombre a été souvent donné, mais il reste impressionnant : l´intestin humain contient, selon une estimation grossière, à peu près dix à quatorze microorganismes qui vivent et s´ébattent joyeusement ensemble. D´un point de vue purement quantitatif, on considère qu´il y a dix fois plus de microorganismes que de cellules corporelles. Ainsi, l’homme peut être considéré comme une culture bactérienne en forme de tuyau avec un organisme attaché qui sert, en fin de compte, surtout à nourrir suffisamment les masses bactériennes (deux kilogrammes par individu).

On a découvert le groupe sanguin de l´intestin

Jusqu´à présent, on n´en savait pas vraiment beaucoup concernant nos colocataires intestinaux. Ils participent au métabolisme énergétique du corps humain, en transformant des polysaccharides en acides gras à chaîne courte. Ils fabriquent quelques vitamines et ont différentes fonctions immunologiques. On sait aussi que la flore intestinale des patients atteints de la maladie de Crohn se distingue clairement de celle des hommes sains. Des scientifiques autour de Peer Bork du Laboratoire Européen de Biologie Moléculaire (EMBL) à Heidelberg ont essayé d’apporter plus de lumière à l’obscurité ambiante et y sont parvenus grâce à leurs recherches parues en avril dans la revue spécialisée Nature. « Nous avons découvert que la composition en microbes dans l’intestin humain n’est pas due hasard », selon Bork. « Notre flore intestinale peut être divisée en trois types différents – on pourrait aussi parler de trois écosystèmes différents ». Les analyses reposent sur près de 280 échantillons de selles provenant d´Europe, d´Amérique et d´Asie. Les différents entérotypes se différencient essentiellement par le type et la quantité de chaque espèce bactérienne. Cela conduit ainsi par exemple à des différences dans la synthèse de vitamines ou dans la synthèse d´hème. La raison de l´existence d´entérotypes différents est peu claire. Il semble toutefois que ces entérotypes soient relativement constants. Si cela se confirme, ils auraient une certaine similitude avec les groupes sanguins qui ne changent pas non plus dans la vie. L´entérotype de chacun est probablement déterminé immunologiquement, selon Bork. Certains systèmes immunitaires semblent tolérer certaines bactéries, et d´autres tolèrent mieux d´autres bactéries.

Manger en fonction de sa situation intestinale

Plus on avance, et plus c´est captivant. La question se pose naturellement sur les conséquences que chacun doit tirer de ces constatations. Mani Arumugam, le premier auteur de cette étude, a récemment philosophé sur ce sujet lors d´une présentation à l´EMBL. Il serait par exemple concevable que les différents entérotypes aient une influence sur la manière dont les médicaments sont métabolisés, selon Arumugam. Différemment exprimé, on peut dire qu´il serait possible que dans le futur, le concept de thérapie médicamenteuse dépende non seulement, comme avant, du génotype de la personne ou de la tumeur, mais aussi de la composition de sa flore bactérienne.
Ce qui vaut pour les médicaments vaut aussi pour la nourriture. Comme les bactéries intestinales participent au métabolisme énergétique, elles ont probablement leur mot à dire sur la question de la tendance à l´obésité qu´une personne peut avoir. On pourrait ainsi potentiellement prescrire des régimes en fonction de l´entérotype et qui seraient adaptés de manière optimale à la situation métabolique intestinale individuelle.

Facebook pour les fétichistes de la digestion

Tout cela est pour le moment purement spéculatif. Ce dont on a besoin, ce sont des données qui corrèlent l´entérotype individuel avec la vie réelle. Pour en arriver là, les chercheurs de l´EMBL ont donné le départ à un projet unique en son genre, appelé my.microbes. Il s’agit d´un mélange entre un projet de génomique et un réseau social. Les participants – on en vise d’abord 5000 dans le monde entier qui doivent chacun contribuer aux coûts pour au moins 1451 euros – envoient un (ou plusieurs) échantillon(s) de selles à intervalles prédéfinis au laboratoire de référence. Là, l’ADN de la flore intestinale est extrait et séquencé.
Par ailleurs, les participants remplissent un questionnaire qui contient un certain nombre de données personnelles. Ces données seront rendues anonymes et ne devront permettre aucune identification des personnes. L’influence du régime alimentaire et des maladies gastro-intestinales sur la flore de l´intestin fait partie des questions qui devront être particulièrement clarifiées par les scientifiques. Les différences géographiques et ethniques doivent aussi être évaluées, en plus des modifications possibles de l’entérotype individuel au cours du temps et en fonction des changements de conditions de vie.

Comme petite récompense pour leur double don à la science, les participants peuvent recevoir personnellement les cartes microbiennes et fonctionnelles de leur flore intestinale, qui en plus d´être joliment colorées, sont aussi utilisables dans un contexte plus global grâce aux données d´autres personnes rattachées à cette cause. En outre une plate-forme internet a été créée pour permettre de prendre contact avec les participants ayant un entérotype semblable au sien. En quoi cela est intéressant, ce n´est pas encore tout à fait clair. Mais dans quelques mois, peut-être ressortira-t-il vraiment des analyses mises à jour des points communs intéressants permettant un échange direct entre ces personnes.

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1 commentaire:

Christine Rieker
Christine Rieker

Il serait intéressant, en ce qui concerne l’absorption des médicaments, d’établir un tableau utile aux personnes ayant un by-pass-gastrique.
En ce qui me concerne, le dosage des métabolites de la « venlaflaxin » ont diminués à tel point qu’il a nécessité une fenêtre thérapeutique, puis une changement d’antidépresseur.

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