Konnektom: Färbemethode forciert Kartierung

15. April 2015
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Die komplette Kartierung des menschlichen Gehirns rückt einen Schritt näher. Mithilfe der mehrgliedrigen BROPA-Färbemethode könnten alle Nervenzellen und ihre Verbindungen im Mäusegehirn erkannt und aufgezeichnet werden.

Wie aus der Aktivität einzelner Zellen unser Denken entsteht und was bei neurodegenerativen Erkrankungen genau passiert, ist nach wie vor unklar. Um diese Dinge zu verstehen, müssen wir das Konnektom kennen. Mithilfe einer speziellen Färbemethode ist die Kartierung des Gehirns theoretisch möglich. Das menschliche Konnektom enthält fast eine Billiarde (1015) Zellverbindungen. Diese zu kartieren ist nach wie vor reines Wunschdenken. Die Entwicklung des Serienschnitt-Raster-Elektronenmikroskops und anderer Aufnahme- und Analysemethoden, lassen das Konnektom des Mäusegehirns, das 3000-mal kleiner als das des Menschen ist, nun jedoch in greifbare Nähe rücken. Ein Meilenstein-Projekt, bei dem allein die Datenerhebung mehrere Jahre dauern wird und auch die Analyse der zirka 40 Petabyte an Daten noch nicht vollständig geklärt ist.

„Ein entscheidender, noch fehlender Schritt war die Probenpräparation“, fasst Shawn Mikula das Projekt zusammen. In den vergangenen Jahren hat er an der gleichmäßigen und zerstörungsfreien Färbung eines gesamten Mäusegehirns für das Elektronenmikroskop gearbeitet. Zuverlässig konnten bisherige Färbemethoden nur relativ kleine Gewebeproben färben. Das Zerteilen des Gehirns in kleine Stücke verhindert jedoch ihr späteres Zusammensetzen zu einem Gesamtbild. Methoden, die eine Färbung des gesamten Gehirns zum Ziel hatten, färbten das Gehirn entweder zu schwach und ungleichmäßig, oder sie  zerstörten Hirnstrukturen. Eine Rekonstruktion aller Nervenzellverbindungen blieb daher unmöglich.

Shawn Mikula und Winfried Denk stellen nun ihre BROPA-Methode zur Färbung eines gesamten Gehirns vor. Die Abkürzung steht für eine aufwändige Abfolge von Färbe- und Waschschritten, darunter mit Osmium– und Pyrogallol-Lösungen. Die gesamte Färbung und Vorbereitung dauert rund vier Wochen. „Das war zum Teil ganz schön nervig, denn man weiß erst am Ende dieser Zeit, ob eine Änderung im Färbeverfahren gut oder schlecht war“, erklärt Shawn Mikula.

Eine neue Färbemethode schließt eine der letzten methodischen Lücken auf dem Weg zur Kartierung aller Nervenzellen und ihrer Verbindungen, dem Konnektom, eines Mäusegehirns. ©  MPI f. Neurobiologie/ S. Mikula

Eine neue Färbemethode schließt eine der letzten methodischen Lücken auf dem Weg zur Kartierung aller Nervenzellen und ihrer Verbindungen, dem Konnektom, eines Mäusegehirns. © MPI f. Neurobiologie/ S. Mikula

„Unsere Ergebnisse zeigen, dass in einem BROPA-gefärbten Mäusegehirn mit dem Serienschnitt-Raster-Elektronenmikroskop zuverlässig einzelne Nervenzellfortsätze verfolgt und Synapsen erkannt werden können“, so Mikula. Bei dem automatisierten Prozess tastet ein Elektronenmikroskop die Oberfläche eines Gewebestücks ab; das gewonnene Bild wird gespeichert. Als nächstes schneidet das Gerät eine ultradünne Gewebescheibe ab und erfasst dann die darunter liegende Gewebeebene. Schnitt für Schnitt werden so alle Strukturen in dem vorliegenden Gewebe aufgenommen. Abschließend setzt ein Programm alle Bilder am Computer wieder zu der ursprünglichen dreidimensionalen Struktur zusammen.

Schon das menschliche Genom galt als umöglich

„Wir sind nun unserem Ziel, ein gesamtes Mäusegehirn mit allen Zellen und Verbindungen unter dem Elektronenmikroskop aufzunehmen und am Computer wieder zusammenzusetzen, einen wichtigen Schritt näher gekommen“, erklärt Winfried Denk, Direktor am Max-Planck-Institut für Neurobiologie. Sobald die neuste Gerätegeneration geliefert und getestet ist, was mit über einem Jahr veranschlagt ist, wollen die Wissenschaftler das Projekt starten. „Ich schätze, dass allein die Datenerhebung rund zweieinhalb Jahre dauern wird“, so Denk. In dieser Zeit werden zirka 40 Petabyte Daten entstehen. „Die Speicherung kriegen wir schon hin, an der Analyse arbeiten wir noch“, fügt Mikula hinzu.

Die bisherigen Ergebnisse zeigen, dass automatisierte Computerprogramme BROPA-gefärbte Synapsen und Zellkörper recht zuverlässig erkennen können. Somit bleibt noch ihre Zuordnung zu den vielen Kilometern vorhandener Nervenfasern. „Ich bin zuversichtlich, dass wir auch das lösen können“, sagt Winfried Denk. Vor dem Hintergrund der Entschlüsselung des menschlichen Genoms scheint dies tatsächlich nicht unwahrscheinlich: Als Mitte der siebziger Jahre des letzten Jahrhunderts die ersten DNA-Abschnitte entschlüsselt wurden, schien die Sequenzierung eines gesamten menschlichen Genoms anfänglich unmöglich.

Originalpublikation:

High-resolution whole-brain staining for electron microscopic circuit reconstruction
Winfried Denk et al.; Nature Methods, doi: 10.1038/nmeth.3361; 2015

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Forschung, Medizin, Neurologie

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